폴과 챠니 사이에서 나온 쌍둥이 남매 레토와 가니마는 아직 어리다고 판단하여 그들의 고모인 알리아가 섭정을 시작한다.

그러나 알리아가 저주받은 아이라고 불리우며 태어나기 전의 일들을 의식속에 기억하는 것과 같이 이들 남매도 역시 몸은 어리지만 의식은 어른들이었다.

칼라단에 있었던 레이디 제시카와 거니할렉이 아라키스로 돌아와서 쌍둥이들을 만나고 그들이 의식 있는 자라는 것을 확인한다.

알리아는 내면에 하코넨 남작(외할아버지)이 들어있게 되고 점점 레토, 가니마, 제시카들을 죽이기로 결심하게 된다. 

살루사 세쿤더스에서는 샤담 4세의 둘째 딸이자 이룰간의 동생인 웬시시아의 아들 파라든이 추후 황제에 올라 복수를 꿈꾸며 라자 사자를 길들이고 있었다. 이 사자들을 통해 레토와 가니마를 죽이려고 계획한다.

웬시시아의 보좌관인 티예카니크는 파라든을 위해 헌신하고 라자사자를 아라킨에 보내 레토와 가니마를 습격한다. 그러나 가니마는 가벼운 부상을 입고 레토는 라자사자 한마리를 죽인후 사막을 떠나며 자기가 죽었다고 생각하라고 가니마에게 말한다. 아마도 알리아나 파라든의 살해위협으로 부터 자신을 보호하기 위한 계책이었던 것 같다.

눈이 먼 설교자가 설교를 하고 다니는데 그가 폴이라는 소문이 무성하다. 사실 그 설교자는 폴이 맞았지만 폴은 자기자신을 다 잊고 그냥 설교자로 돌아다니며 알리아의 변신을 알리는데 주력한다.

알리아는 아라킨에 온 제시카도 죽이려고 하지만 제시카는 피하고 6명의 페다이킨들과 길을 뚫고 도망한다. 알팔리와 그의 형제들은 제시카를 이주민들의 정착지인 붉은 구렁 시에치로 데리고 오고 스틸가에게 연락오기를 기다린다. 스틸가에게 제시카는 내딸이 귀신에 홀렸으니 반드시 시련을 받아야한다라고 연락한다.

던컨 아이다호가 알리아의 명을 받고 제시카를 찾아오지만 그는 사실 알리아가 변한것을 알고 제시카를 돕기위해 온것이다. 그는 제시카를 오니솝터에 태우고 살루사 세쿤더스 행성으로 가서 파라든을 만난다.

파라든은 점차 제시카에세 베네게세리트 훈련을 받고 코리노 가문에서 점차 베네게세리트로 변화한다.

혼자 사막으로 떠난 레토는 사막속에 은신하며 폰닥에서 은신중 사제 야비드의 아버지인 남리와 거니할렉에게 잡힌다. 그러나 그는 남리의 조카 사비하가 자기를 감시하는 동안 그녀을 마취시키고 탈출하여 다시 사막으로 향하고 모래송어들과 조우하고 그 송어들에게서 나오는 파란 액체를 다량 흡입하여 점차 몸의 피부가 모래벌래화 되어간다.

프레멘 반란군과 알리아 정부군의 중립지대에 있는 타브로에 스틸가와 가니마 이룰란이 기거하고 있었으며 레토는 설교자를 만나 그가 아버지 폴임을 확인하고 같이 다닌다.

중립지대인 타브르에 있는 스틸가를 던컨 아이다호가 찾아와 만나 대화하는데 아이다호는 야비드를 이중첩자라고 보고 칼로 찔러 살해하고 스틸가는 중립을 어겼다는 이유로 던컨을 살해한다. 던컨은 결국 두번 죽게 된다.

스틸가와 가니마, 이룰란에게 알리아의 전사 아가르베스가 찾아오고 파라든과 제시카는 아라킨으로 온다. 알리아는 가니마와 파라든을 약혼시키고 가니마가 파라든을 죽이기를 원한다.

스틸가는 아가르베스를 죽이고 이룰란을 신전의 지하감옥으로 데리고 간다.

파라든과 제시카가 알리아과 조우하고 알리아의 부하들이 알리아 신전밑에서 설교하는 설교자 폴을 칼로 찍러 죽인다. 가니마와 레토가 제시카앞으로 나타나고 레토는 파라든에게 알리아가 그대를 죽이려한다고 말하고 알리아는 경비병들에게 폴을 잡으라고 한다. 알리아와 레토는 결투하다 알리아가 쓰러지고 하코넨 남작의 목소리를 낸다. 레토는 스스로 결정하라고 하고 알리아는 건물에서 뛰어내려 자결한다.

결국 레토는 황제로 등극하고 파라든을 황실 서기로 임명한다. 티예카니크와 스틸가는 불신의 동료관계가 되며 스틸가는 레토에게 충성을 맹세한다. 레토는 스틸가에게 타브르시에치로 돌아가 거니 할렉과 새 병력을 모집하라고 명하고 파라든에게는 가니마와 자식을 생산하라고 하지만 결혼은 자신이 가니마와 해서 비밀스러운 아트레이데스 혈통을 잇겠다고 말한다. 이미 레토는 인간이 아니고 모래벌래화 되고 있으므로 생식능력이 없어졌다.

레토는 파라든에게 습관의 파괴자라고 명명하며 파라든은 사진의 사다우카 군대를 레토에게 내어준다.

레토의 수명은 4000년이 되었고 4000년동안 장기 집권을 할 예정이었다.

결국 듄 3는 폴의 아들인 레토가, 하코넨 남작의 귀신이 씌워진 알리아의 음모와 계략을 물리치고 또 살루사 세쿤더스에 있던 샤담 4세의 손자 파라든의 황제 등극 시도를 저지하며 폴에 이어 황제로 등극하는 길고 치열한 과정을 그린 이야기였다.

이제 황제 레토의 시대가 도래하게 되었다.

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